26 мая 1709 года он издает манифест, в котором объявляет об уничтожении Сечи и предписывает "впредь запорожцев в русские границы не пускать".  Обвиняя запорожцев, Петр писал: "…Запорожцы при некоторых случаях являлись… покорными, однакож никогда не оставляли злобного своего умышления, чинили то лукавно и искали всегда ко исполнению того своего замышления времени, яко воры и разбойники…". Гонения на запорожцев продолжались.   И уже в 1711 году  по приказу Петра I гетманом Иваном Скоропадским и генералом Иваном Бутурлиным была уничтожена следующая Сечь, которую казаки основали при впадении речки Каменки в Днепр (Херсонская область). Оставшиеся в живых запорожцы вынуждены были уйти вниз по Днепру и построить Алешковскую Сечь во владения крымского хана (недалеко от современного Херсона).  И только при Анне Иоанновне  казаки получили разрешение вернуться на родину так как они все еще   нужны были России для защиты южных границ от набегов крымских татар и  в 1734 году  в устье реки Подпольной  ими была построена  Новая  Сечь.

- Запорожские казаки считали себя вольными людьми и препятствовали введению крепостного право на своих землях, а беглых и пленных, как правило, не выдавали. Более того, принимали активное  участие в казацких и крестьянских войнах. Это и восстание атамана Булавина 1707-1708 гг., и   восстание гайдамаков в 1768 году (Колиивщина) и восстание Пугачева накануне уничтожения Сечи.

- Вопреки запрету  царского правительства казаки своими набегами   осложняли отношения России с Турцией, Крымом и Польшей. К примеру, поводом для начала русско-турецкой войны 1768-1774 годов послужило нападение запорожских казаков на пограничный турецкий город Балту.

-  Спор из-за земельных запорожских владений возникший по причине сооружения укрепленных "линий" на пограничье со степью где, начиная с 1730-х годов, царское правительство устраивало села и города, куда поселяло довольно много выходцев-сербов.  Организовывали  их  по-военному - в  пешие и конные полки и роты,  которые сильно стеснили запорожцев. А в 1750-х годах правительство России начало создавать здесь "казачьи" и пикинерские слободы, заселяя их различным пришлым сбродом. Все это не могло не раздражать запорожцев, которые видели,   как на их родных землях  поселяются непрошеные гости, захватывают их заимки и уходы, рыбные и звериные ловли и знать не хотят ни Сечи, ни ее власти.

Обострение отношений между запорожцами и Россией усилилось после образования Новороссийской губернии и присоединением к ней запорожских земель. Запорожцы не позволяли проводить границы новой губернии через свои земли, препятствовали заселению слобод чуждыми людьми, разгоняли их этим препятствуя планам царского правительства по ассимиляции. Более того,  начали переманивать на свои земли переселенцев-землепашцев   со степного левобережья Днепра, Северского Донца,  нижнего Дона и Южного Буга, таким образом, усиливая не только людской и экономический потенциал, но и авторитет самой Сечи.  Все это не могло не раздражать Екатерину.

-  Начав выращивать и продавать хлеб, жители запорожских земель становились все больше независимыми от России. Как констатировала Екатерина  II: "Заводя собственное хлебопашество, расторгали они тем самым основание зависимости их от престола нашего, и помышляли посреди Отечества область совершить совершенно независимую".

- Реальная возможность запорожских казаков уйти под протекторат Турции.  В январе 1767 г. полковой старшина Павел Савицкий писал донос  в Петербург. В нем говорилось, что Петр Калнышевский вместе с военным писарем И. Глобой и военным есаулом П. Головатым решили: если в ближайшее время пограничные споры между Кошем и Россией не решатся в пользу Сечи, то они выберут в войске с двадцать мужнин добрых и пошлют к турецкому хану с просьбой принять их под турецкую протекцию. А в октябре 1768 г. Крымский хан Крим-Гирей присылает кошевому атаману Калнышевскому грамоту и предлагает возвратить запорожским казакам купцов, казаков, чумаков, которых татары захватили  как ясырь. Он  вскоре  освобождает всех пленных и не требует ничего взамен

Как бы ни объясняли  историки  эти факты,  последующие события косвенно могут подтвердить реальную возможность ухода запорожских казаков  под протекторат Турции.

В начале мая 1775 года генерал-поручик Петр Текели получил приказ занять Сечь и положить конец "вольному устройству и своеволию запорожцев". Располагая двадцатипятитысячным войском  Текели осадил Сечь. Выстроив перед ней всю свою артиллерию, он известил сечевиков, что Сечь не должна больше существовать, запорожцы должны сдаться, покинуть Сечь и разойтись, если не хотят, чтобы русские войска обратили против них свое оружие. Многие запорожцы не хотели сдаваться и рвались биться с царским войском. Но Калнышевский со старшиной и сечевым духовенством стали их уговаривать покориться. В ночь с 4 на 5 августа (с 16 на 17 по новому стилю) 1775 года войска генерала Текели заняли Запорожскую Сечь. После непродолжительных переговоров были арестованы кошевой атаман и старшина.  Начали  вывозить из казны деньги, выносить клейноды и канцелярию, оружие и военные припасы. Увидев, что начальники вынесли из церкви ящички, донские казаки,  вскочив в нее, посрывали с образов навешанные на них золотые кресты, золотые и серебряные медали, а кому этого не хватило, те начали сдирать с образов серебряные ризы, а если и этого не стало - оторвали серебряные царские ворота и, разбив и порубив ее на куски рассовали по карманам. Старые запорожские казаки плакали, глядя, как гибли их святыни. 

В августе (14) 1775 года Екатерина издает манифест, в котором говорилось, что "Сечь Запорожская окончательно уже разрушена, с уничтожением на грядущие времена и самого названия запорожских казаков, не менее чем за оскорбление нашего Императорского Величества за поступки и дерзости, которые совершаемы были от этих казаков непокорностью нашим высочайшим Повелениям".

Уничтожение  Запорожской Сечи и раздача запорожских земель помещикам заставили многих казаков бежать в турецкие владения.  Турецкое правительство было заинтересовано в том, чтобы запорожцы перешли к нему на службу, и поэтому разрешило им селиться на пограничной территории под Очаковом. Всего в Турцию бежало, по различным оценкам, от пяти до семи тысяч казаков. Екатерина II требовала выдачи беглецов. Но турки на это не пошли. Напротив, они переселили казаков подальше от границы, на правый берег Дуная, а в 1778 году султан официально признал запорожцев своими подданными. На турецких землях казаки основали Задунайскую Сечь, которая несколько раз меняла свое местонахождение, пока не обосновалась в Георгиевском гирле Дуная. В ответ на массовый "исход" запорожцев в Турцию русское правительство арестовало бывших войсковых старшин и кошевого атамана Петра Калнышевского, который более 25 лет провел в заключении в Соловецком монастыре, где и умер в 1803 году в возрасте 112 лет.

После уничтожения последней Запорожской Сечи (Новой Сечи) на месте  размещения Никитинской Сечи известной тем, что на ней избирался гетманом Богдан Хмельницкий, по предложению князя Г. Потемкина-Таврического был основан губернский город Славянск. И уже в 1782 году  Славянск тем же Потемкиным был переименован в город Никополь (город победы) в честь "славного" уничтожения  Войска Запорожского.

В  "Записках Одесского общества Истории и древностей", т. шестой. Одесса, 1867 г.   отмечено:  "…а 1782 года оно, по мыслям князя Таврического, генерал-губернатора Новороссийского края Потемкина, проникнутого "Греческим проектом", бывшим тогда в ходу, и успокоенного легкой победой над Запорожским войском, стеснявшим его действия по водворению порядка и благоустройства во вверенном ему крае, переименовано было в город Никополь (от греческого Nikopolis град победы), который, в числе других уездных городов Новороссийской губернии, составил Никопольский уезд".

17 июня является трагической датой в истории Запорожского казачества. В этот день (5 июня по старому стилю или 17 июля по новому стилю) русские войска Екатерины II  под командованием серба  генерала-поручика  Текели  захватили  Новую (Подпольненскую) Сечь - последнюю Запорожскую Сечь которая находилась в районе современного села  Покровское Никопольского района.

Было несколько причин уничтожения  казачьей Сечи Российской империей. Эти причины описаны многими историками  и подтверждены документами. Рассматривая эти причины можно увидеть, что:

-  усилились конфликты с царским правительством, начавшиеся при Петре I,   который после измены гетмана Мазепы "руками Меньшикова" залил кровью и сравнял с землей Батурин со всеми его жителями, включая стариков и детей, и  заставил  казаков  платить подушную подать. Он начал строительство крепостей недалеко от Запорожской Сечи, пытаясь контролировать казаков, ограничивая этим их  свободу. К примеру,    крепость Каменный Затон была возведена на левом берегу Днепра,  напротив Запорожской Никитинской Сечи (нынешний город Никополь).   Благодаря Каменному Затону у казаков накипала вражда к Москве, которая не могла быть потушена обещанием лишнего жалованья, а   только лишь срытием Каменного Затона и самарских крепостей. Как видно из донесения посла в Стамбуле П. А. Толстого, казаки  начинали искать поддержки у Турции: "4 числа получил я ведомость о злых замыслах козаков запорожских: прислали к крымскому хану просить, чтоб их принял под свой протекцион".

Петр  высылает   на Сечь карательную экспедицию под командованием полковника Яковлева  который с помощью казацкого полковника Игнатия Галагана в мае 1709 года  штурмом захватывает Сечь,  казнит пленных запорожцев и разрушает  саму  Сечь. 

  Рано утром 17 июня 2010 года в Спасо-Преображенском соборе города Никополя казачки "Вольного казачества Украины" зажигают свечи в память всех запорожских казаков, за упокой их душ и за здравие их потомков